1927年以后，日本统治者侵华野心越发暴露。他们要实现这种野心，但人力、武力、财力都不够；为解决资源供需矛盾，他们不择手段，使用细菌作为侵略屠杀的手段。因为细菌是一种廉价的武器。1931年9月18日，日本军队开始侵略中国东北，日本人利用宪兵警察逮捕中国的爱国人士当作实验的“材料”，以研究细菌战的方法。
在五常县三岔口的肥沃的土地上，出现了实现细菌战阴谋的秘密部队。这是731部队的前身，所谓“加茂部队”(1933年建)。1937年7月7日，日本军国主义者侵入中国的关内。日本人强占以平房车站以北约4公里正黄旗屯为中心的2平方公里的耕地为建造兵营的工地，把正黄旗村的180户、800人撵到西方去住。在关东军军需部的指导下，奴役几千名中国劳动人民，大规模地修建了“细菌制造厂”。
外围工程在1937年完成，1938年进入内部工程的阶段。
1938年6月到1939年3月，全部迁到平房来。在所谓“南栋”(哈尔滨南岗)那里，只留下部队的“第三部”和“诊疗部”的基干。
在1938年以后，更把731部队的基干人员，置于中国关内各地的沦陷区内。如设立华北防疫给水部、华中防疫给水部、华南防疫给水部等。东北地区是由1940年起，在牡丹江、林口、孙吴、海拉尔共设立四个支部。1941年，又把大连卫生研究所从“南满洲铁道株式会社”手中，兼并到731部队的管辖下。于是在中国各地，组成了一张细菌战的网，到1940年7月，遂对中国大陆开始了细菌战。
731部队建筑布局，臭名卓著的四方楼赫然在最显眼的位置上
731部队头目石井四郎
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