观赏鱼疾病的生态预防是治本，而积极、正确、科学地利用药物治疗鱼病则是治标，本着标本兼治的原则，对观赏鱼疾病进行有效治疗，是降低或延缓鱼病的蔓延、减少损失的必要措施。
(1)观赏鱼疾病治疗的总体原则 “随时检测，及早发现，科学诊断，正确用药，积极治疗，标本兼治”是观赏鱼疾病治疗的总体原则。
(2)观赏鱼疾病的具体治疗原则 ①先水后鱼 “治病先治鳃，治鳃先治水”。对观赏鱼而言，鳃比心脏更重要，各种鳃病是引起观赏鱼死亡的最重要病害之一。鳃不仅是氧气和二氧化碳进行气体交换的重要场所，也是钙、钾、钠等离子及氨、尿素交换排泄物的场所。因此，只有尽快地治疗鳃病，改善其呼吸代谢功能，才能有利于防病治病。而水环境中的氨、亚硝酸盐及水体过酸或过碱的变化，都直接影响鳃组织，并影响呼吸和代谢。因此，必须先控制生态环境，加速水体的代谢。“通则不变”，这就是先水后鱼的原理。 ②先外后内 先治理体外环境，包括水体与底质和鱼的体表，然后才是体内即内脏疾病的治疗，也就是“先治表，后治里”。先治疗各种体表疾病，这也是相对容易治疗的疾病，然后再通过注射、药饵等方法来治疗内脏器官疾病。 ③先虫后菌 寄生虫尤其是大型寄生虫，对鱼类体表具有巨大的破损能力，而伤口正是细菌人侵感染的途径，并由此产生各种并发症，所以防治寄生虫就成为鱼病防治的第一步。
