据统计，中国化肥的生产量、纯进口和施用量均居世界第一。施用化肥为提高作物的产量，改进产品质量，解决13亿人口吃穿问题发挥了极其重要的作用。但是近几年对不合理施用化肥的负面影响宣传较多，如化肥破坏生态环境、降低土壤肥力、影响食品的安全等诸多方面，使人们对使用化肥产生恐惧心理，甚至产生误导。但大量的试验结果表明，假如不施肥，中国的粮食将减产1/3以上，其他作物也会大幅度地减产。其实，使用化肥对生态环境，土壤肥力和生产无公害食品的作用都是利大于弊，其负面影响是过量和不合理施用引起来的。这里只谈化肥与无公害食品的关系。
一、化肥与无公害食品问题 从食品的质量和安全性，国内外大致将其划分为三大类，即有机食品、绿色食品和无公害食品。有机食品是一类回归自然的食品，主张利用农业内部的物质循环，不使用任何人工合成的肥料、农药和生长激素等。在我国，将绿色食品为分AA级和A级。认为AA级绿色食品是与国际接轨的，即有机食品，在生产中禁止使用任何化学肥料。而A级绿色食品是根据我国情况的变通，在生产中可以使用像尿素、磷酸二铵等化肥，但禁止使用硝态氮肥。而无公害食品主要是从食品的无污染和安全性考虑，是生产各种食品应当达到的共同要求。目前国家在制定标准时，已经基本采用无公害这一名称。其实肥料只与种植业及其产品直接有关，而和养殖业及其产品（肉、蛋、奶等）没有直接的关系。而且，生产无公害食品还必须要有一个无污染的环境，包括清洁的土壤、水和空气。
二、有机肥、化肥配合施用问题 中国是有机农业的发祥地，据史料记载，自战国、秦、汉以来，在施用有机肥及施肥技术上已初具规模，距今1700年的西晋已有稻田种植绿肥，施用有机肥料成了中国农业的传统特色，长期以来，取得了保持地力、稳定单位面积产量的成效。但据专家考证，两千年中，小麦的单产增加不到1倍，水稻单产虽有较大提高，大约每12年才增加1公斤。事实说明，依靠农业内部物质循环的有机农业，无法满足人口迅速增加和提高生活质量的需要。在新中国成立初期，中国的粮食产量只达1.5亿吨左右，而近年来已达到5亿吨的创记录水平。当然，这是在中国共产党的领导下，采用化肥、水利、良种、植保等重大措施的结果。其中化肥在作物增产中起到了举足轻重的作用。如果停止施用化肥，粮食等农作物产量将大幅度下降，退耕还林、还草改善生态环境也会举步维艰。
从植物营养学的角度说，绿色植物从土壤中吸收的营养元素主要是无机态的，例如植物所需主要营养元素中氮、磷、钾，以铵离子、硝酸根、磷酸根、钾离子的形态，然后与从空气和水中吸收的C、H、O，通过光合作用，形成糖、脂肪和蛋白质等有机化合物，这就是生产化肥和施用化肥的原理—矿质营养理论。化肥所提供的大多是植物可直接吸收的养分。然而有机物中的组成部分，植物一般不能直接吸收，须经微生物分解成矿物质养分才能被植物利用，因此，无公害食品既可施用有机肥，也可施用化肥，通常有机肥、化肥与菌肥可配合施用。
三、硝态氮肥施用问题 从目前部分省、区、市看，已把硝酸铵、硝酸磷肥列为禁止使用的化肥品种，从而危及肥料工厂的生产。硝态氮肥是世界上一个主要氮肥品种，种类繁多，如硝酸铵、硝酸钠、硝酸钾等，其中硝酸铵在大量生产尿素的当今，在许多国家仍占氮肥总产量的三分之一左右。中国的硝态氮所占比重不大。按1999年的资料表明，以含氮量计算，硝酸铵为42.45万吨，硝酸磷肥为24.64万吨，合计只占当年氮肥总产2323.81万吨的2.9％，其中硝酸铵只占1.8％。因此，在中国科学院1997年5月给国务院的报告“我国化肥面临突出问题及建议”中，将硝酸铵列为适当发展的品种。
铵态氮和硝态氮都是作物易于吸收的氮素形态。但不同的作物，甚至同一作物的不同生长阶段，对硝态氮和铵态氮有不同的“喜好”，例，烟草和蔬菜喜硝态氮，而水稻苗期喜铵态氮。在气候冷凉的地区和早春季节，施用硝酸铵的效果明显好于尿素。近期对硝态氮肥的否定态度，主要是由于蔬菜中硝酸盐的积累引起的，认为硝态氮不能用于生产无公害食品，其实应该从两方面来分析：其一，在土壤里只要条件适宜，尿素态氮会水解为铵态氮，进而在通气良好，水分为田间持水量的50％—70％，温度在10—30℃的条件下，很快转化为硝态氮。这就是通常所说氨化作用和硝化作用。其二，在喜硝态氮的作物上施用硝态氮肥，有很好的增产效果。几乎在所有的蔬菜栽培或施肥的资料中，均表明蔬菜为喜硝态氮作物。
四、蔬菜中硝酸盐积累问题 蔬菜中硝酸盐含量的高低，受多种因素的影响。第一，从总体上说，蔬菜是容易积累硝酸盐的作物，但不同蔬菜种类的硝酸盐含量有很大差异。根据各地的调查、试验结果，在相同的条件下，硝酸盐含量一般叶菜类＞根菜＞瓜类＞豆类＞茄果类＞葱蒜类。以食用营养器官（叶、茎、根）的含硝酸盐高，都在1000mg/kg（鲜重）以上；以食用繁殖器官（果实、种子）的含硝酸盐低，都在1000mg/kg以下。这为我们明确了应当注意的重点。第二，蔬菜中硝酸盐含量随氮肥用量增加而增加，许多试验都一致证明了这一点。第三，不同氮肥品种对蔬菜中硝酸盐积累有影响。多数试验认为施等氮量的硝态氮肥，蔬菜中的硝酸盐积累高于尿素态氮肥和铵态氮肥，其中又以施用氯化铵的硝酸盐含量较低，但也有试验认为，不同氮肥品种之间对蔬菜硝酸盐的积累无明显影响。第四，平衡施肥与单施氮肥比较，可降低蔬菜中的硝酸盐含量，尤其以配合施用钾肥的效果更为明显。蔬菜的需钾量高于氮，更高于磷，可惜在蔬菜上施用钾还没有引起足够的重视。第五，有机肥用量过大，也可以引起蔬菜中的硝酸盐的大量积累。第六，蔬菜中硝酸盐含量和追施氮肥后收获的时间有关。追施肥后3天—5天收获，硝酸盐含量高；15天—20天后收获，硝酸盐含量明显下降。根据以上情况，合理施肥，适时收获，是既可以达到高产优质，又可以把硝酸盐含量控制在较低水平的。
五、农产品重金属污染问题 农产品中重金属超标，主要是农作物吸收被污染的土壤中的重金属所致。环境科学家把原子量在40以上的金属称为“重金属”，其中如铜、锌、铁、锰、钼为植物的微量营养元素，只有土壤中有态含量过高时，才会在植物体内积累。而有些重金属如汞、铝、镉对植物无益，对人体健康有害。所以农产品中的汞、铅、镉、砷、氟为重点检测对象。尤其毒性大、迁移性强的镉是检测重中之重。
土壤中的重金属有多种来源，肥料是重要的来源之一。化肥中的磷肥，往往是重金属镉的重要来源。中国科学院南京土壤研究所曾对国内的67个磷矿样本和30个主要磷肥的肥料样品进行分析，结果表明，磷矿含镉量很低，大部分在0.2—2.5mg/kg，55个主要矿的平均值为0.9mg/kg，低于国外磷矿的含镉量（只高于俄罗斯的科拉磷矿）。30个磷肥厂的产品测定，含镉范围在0.1—2.9mg/kg，平均为0.61mg/kg，相当于磷矿含镉量的62％，也远远低于其他国家磷肥的含镉量。计算表明，长期施用国产磷肥，带入土壤的镉不会引起环境污染问题。而值得注意的是，凡是用污水、污泥和城市垃圾生产的有机肥，其中重金属含量一般比较高。因此在国家农用垃圾标准中有严格的控制标准。无公害蔬菜的生产中，更不应当施用此类有机肥料。
